Mặc dù dung nạp tốt, ceftriaxone vẫn có các tác dụng không mong muốn:

• Tăng bạch cầu ái toan (6%)
• Tăng tiểu cầu (5.1%)
• Tăng men gan (3.1–3.3%)
• Tiêu chảy (2.7%)
• Hạ bạch cầu (báo 2,1%)
• Tăng BUN (1.2%)
• Phản ứng tại chỗ—đau, sưng tấy (1%)
• Phát ban (1.7%).

Một số ít trường hợp báo cáo phản ứng phụ (tỷ lệ < 1%) bao gồm viêm tĩnh mạch, ngứa, sốt, ớn lạnh, buồn nôn, nôn, tăng bilirubin, tăng creatinin, nhức đầu và chóng mặt.

Ceftriaxone có thể lắng đọng trong mật gây ra bùn mật, mật pseudolithiasis, và sỏi mật, đặc biệt ở trẻ em. Hạ prothrombin máu và xuất huyết cũng là các tác dụng phụ đáng chú ý.Suy thận sau thận ở trẻ em cũng được báo cáo.[7][8][9] It has also been reported to cause post renal failure in children.[10]

Chống chỉ định

Không nên sử dụng cho những người bị dị ứng với Ceftriaxone hoặc bất kỳ thành phần của thuốc. Thận trọng  khi sử dụng Ceftriaxone ở những bệnh nhân nhạy cảm penicillin.[4][11] Thận trọng cho những người dị ứng nghiêm trọng với penicillin.[12] Chống chỉ định cho tăng bilirubin máu ở trẻ sơ sinh, đặc biệt là trẻ đẻ non. Sử dụng đồng thời với các sản phẩm hoặc dung dịch chứa calcium tiên tĩnh mạch ở trẻ sơ sinh (dưới 28 ngày) cũng là chống chỉ định [13]